Cas9 (CRISPR相關蛋白9)是一種RNA指導的DNA核酸內切酶。這種酶與包括化膿性鏈球菌（Streptococcus pyogenes）在內的各種類型細菌中的CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)適應性免疫系統相關。Cas9能夠解開外源DNA(如質粒DNA或入侵噬菌體DNA)，然后檢查與指導RNA的20個堿基對間隔區互補的位點。如果DNA底物與指導RNA互補，Cas9切割入侵的DNA。

Cas9蛋白作為引起DNA定點雙鏈斷裂的基因組工程工具已經獲得了全-世-界的關注。在許多實驗室模式生物中，由此產生的DNA斷裂可分別通過非同源末端連接和同源重組使基因失活或引入異源基因。此外，Cas9可以切割幾乎任何與其相關的指導RNA互補的序列。在人類細胞中使用CRISPR/Cas9系統可以應用于基因刪除和基因替換。

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